Desde finales del siglo XIX, las culturas puras han sido consideradas la piedra angular de la bacteriología. Sin embargo, no todas las bacterias se multiplicarán lo suficiente como para producir colonias visibles en medios sólidos; algunas células producirán microcolonias que son invisibles a simple vista. Además, la proporción de células cultivables que producen un crecimiento visible variará según la especie y el estado de las células: ¿están creciendo activamente o comparativamente inactivas? Estos últimos tienen una menor tasa de recuperación en términos de cultivabilidad. No está claro si una colonia individual siempre se deriva de una sola célula; es posible que los organismos muy cercanos entre sí puedan multiplicarse y unirse para producir colonias individuales. Entonces, el crecimiento resultante seguramente se derivará de más de una célula inicial.
Aunque generalmente se asume que las rayas y las nuevas rayas en los medios frescos purificarán cualquier cultivo, hay evidencia de que los consorcios microbianos interactúan para formar lo que parecen ser culturas puras únicas. Como los llamados cultivos puros sustentan la microbiología tradicional, es relevante entender que el cultivo no contiene necesariamente clones de bacterias idénticas, pero que puede haber variación en el potencial genético de las células componentes, es decir, las células no son homogéneas. Ciertamente, muchas bacterias cambian rápidamente al cultivar, y algunas se vuelven más grandes y menos activas. Es difícil estar seguro de si estos cambios reflejan una pérdida o cambio de ADN o si los métodos de cultivo estándar seleccionan células de crecimiento más rápido que efectivamente no son representativas del entorno del que se derivaron. Estos conceptos se revisan con énfasis en los patógenos bacterianos de los peces.
